Основной состав специалистов находится в здании АВИАМЕДЦЕНТРа по адресу г.Новосибирск, ул.Аэропорт, д.2. Здесь проводятся ВЛЭК, медицинские комиссии и оказание медицинских услуг населению.
Также имеются обособленные подразделения АВИАМЕДЦЕНТРа в г.Обь (Толмачево) и в г.Стрежевой, где проводятся предполетные, послеполетные, предрейсовые, послерейсовые, предсменные, послесменные медицинские осмотры.